厘摩（centimorgan，cM）到底是啥鬼

Posted 2020-11-04 橙子牛奶糖

根据维基百科的定义：

厘摩（centimorgan，简写为cM），或称为图距单位（map unit），是遗传连锁中的距离单位，以现代遗传学之父托马斯·亨特·摩尔根的名字命名。1厘摩的定义为两个位点间平均100次减数分裂发生1次遗传重组。连锁位点之间的距离不超过50厘摩，两个位点间距50厘摩即意味着两者完全不连锁。对于人类来说，1厘摩平均相当于100万个碱基对。参考链接：https://zh.wikipedia.org/zh-sg/%E5%8E%98%E6%91%A9

如果看了上面那段定义，你能理解厘摩的含义的话，说明你艺禀天辅。

下面通过看重组率、遗传图谱、遗传位置之间的公式解释厘摩的定义

COMBINED_rate(cM/Mb)=(Genetic_Map2-Genetic_Map1)/((position2-position1)/1000000

简单来说，如下数据所示，假如在16号染色体上的位置84170和位置85057，其对应的遗传图谱为0和0.0005246772853219cM，则根据上述公式，这两个位点之间的重组率为：(0.0005246772853219-0)/(( 85057-84170)/1000000)= 0.5915189

position   COMBINED_rate(cM/Mb)    Genetic_Map(cM)

84170      0.590301256                            0

85057      0.5915189237                     0.0005246772853219

也就是说，厘摩可以看出类似物理距离（position）的另一种距离单位；其存在跟连锁不平衡有关系。

需要注意的是，一个位点上下游10cM，对应的物理距离不一定是上下游10Mb，这是根据位点间的重组率确定的。正确的计算方式应该是，从公共数据库找到遗传图谱、重组率、位置之间的数据，再计算上下游10cM对应的物理位置在哪里。