协方差分析 | ANCOVA (Analysis of Covariance)
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If you are worried about leaving out covariates you could regress out them first and analyse the residuals against the Snps.
在实验设计中，协变量是独立变量，实验者不能操纵，但仍影响实验结果。
我想知道温度对于降水量的影响，但是海拔高度、经纬度、当地湿度等变量也会影响降水量。那么，在我的研究中，温度就是自变量，降水量是应变量，而海拔高度、经纬度和当地湿度就是协变量。
Analysis of Covariance (ANCOVA) easily explained
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R语言回归模型协方差分析（Analysis of Covariance）
R语言使用aov函数进行单因素协方差分析（One-way ANCOVA）单因素协方差分析(ANCOVA)扩展了单因素方差分析，包括一个或多个协变量（covariates）
方差分析ANOVA单因素方差分析协变量方差分析ANCOVA重复测量方差分析双因素方差分析（ two-way ANOVA）多元方差分析MANOVA多元协方差分析MANCOVA
R语言使用aov函数进行单因素协方差分析（One-way ANCOVA）使用effects包中的effect函数来计算调整后的分组均值（calculate adjusted means)
R语言使用aov函数进行单因素协方差分析（One-way ANCOVA）使用multcomp包的glht函数检验组均值之间所有成对对比差异通过contrast参数自定义对比组进行组间两两方差分析
R语言使用lmPerm包应用于线性模型的置换方法（置换检验permutation tests）在同一数据集上使用单向协方差分析(one-way ANCOVA)使用aovp函数的置换检验单向协方差