NCBI下载SRA数据

Posted 2020-10-25 吴增丁

从NCBI下载数据本来是一件很简单的事情，但是今天碰到几个坑：

1、paper里没有提供SRA数据号、也没有提供路径；

2、不知道文件在ftp的地址，不能直接用wget下载

 

所以通过在NCBI官网，直接在SRA搜索栏里：

输入paper的title关键词NIFTY BGI

搜索结果：

 

选一个文件点击进去

 

 进去之后，再点击SRP

然后：

出现如下内容：

然后选择所有SRR文件：

下载Accession list之后得到文件列表：

SRR354208
SRR357358
SRR357397
SRR357398
SRR357666
SRR357667
SRR357668
SRR357669
SRR357670
SRR357671
SRR357672
SRR357673
SRR357674
SRR357675
SRR357676

然后根据这个列表在linux下载：

[wuzengding@mn01 NIFTY_BGI_samp]$ cat /data1/Medicine/WZD/SRR_Acc_List.txt | while read line
> do
> echo $line
> /home/wuzengding/biosoftware/sratoolkit.2.8.2-1-centos_linux64/bin/fastq-dump.2.8.2 ${line}
> done

　下载成功！！

 

注：另外一种更简单方法

在找到这个界面时

点击send to

 

 最后得到SraRunInfo.csv文件，文件内容是各个samp sequence的列表信息，包括FTP上的下载地址：

然后在linux中下载，

完毕！