3D Slicer中文教程—调用matlab函数（MatlabBridge使用方法）

Posted 2020-10-13 mat_wu

本教程将演示如何使用3D Slicer来运行Matlab函数，并使用MatlabBridge将3D Slicer中的处理结果可视化。

1.安装MatlabBridge插件

（1）在工具栏找到Extension，点击进入Extension Manager

（2）找到MatlabBridge,安装

2.配置MATLAB环境

（1）在模块处找到Developer Tools——Matlab——Matlab Modules Generator

 

（2）在Matlab executable处配置matlab.exe的路径（请确保计算机上安装有matlab，并且可以找到matlab.exe文件的位置）；Matlab script directory的路径为存储.m文件的位置。

3.利用MATLAB函数（function）分割图像

（1）创建matlab module,在Module name处命名文件

（2）点击Generate module

（3）Matlab module包含三个文件：

•Matlabscript (*.m)：Slicer调用的Matlab函数，该文件必须由用户定制，以执行所有必要的数据输入，处理和输出。

•Module descriptor(*.xml)：模块描述符，该XML文件定义将在3D切片机中为模块显示的图形用户界面，该文件必须针对特定的Matlab函数进行自定义。

•Module proxy（* .bat）：模块代理，该文件生成一次，不需要更改。

.m文件

.xml文件

（4）退出3D Slicer，重新打开

（5）打开样本数据，这里打开下载的MRHead数据

（6）在Module工具栏找到新建的matlab module，点击文件

 

（7）设置Input Volume为MRHead, Output Volume为Create new Volume

 

（8）点击apply按钮查看结果，如下图所示的结果

 

 

    总结：3D Slicer调用matlab函数的方法使得图像处理可以更容易编程处理，方便像素级的处理。但是，也存在一定的难度。首先，安装MatlabBridge并且学会使用；其次，是需要明白其中参数的意义，才能更好的编写matlab函数处理图像；最后，需要明白在3D Slicer自带的功能下处理图像和matlab编程处理图像之间如何选择更简单有效的方式，也是十分重要的事情。