Gromacs文件-Chapter1

Posted 2020-10-13 谢小顿

Gromacs的文件非常的多，这是官方文档地址：http://manual.gromacs.org/online/files.html.

本文章部分内容来自以下网址https://zhuanlan.zhihu.com/p/27279508

下面我仅做一简述，涉及到PDB，GRO，MDP的文件内部结构不在此介绍，而是单独开篇。

参数文件：

mdp：其他篇单独讲解

m2p：暂时没用到

结构文件：

gro：GROmacs format

g96：gromacs-96 format

pdb：Protein DataBank

一般的结构文件：gro g96 pdb tpr tpb tpa

拓扑文件：

top：系统拓扑文件

itp：include topology 被主拓扑文件（.top）包含的分拓扑文件，一般包含某个特定分子的类型。于主拓扑文件区别有它不引用其他力场文件，同时包含[system]，[molecule]等拓扑字节。

rtp：残基拓扑文件。该文件包含常见残基的力场信息，包括残基所含原子，成键种类等。使用pdb2gmx处理PDB文件时，程序按照PDB文件信息，在RTP文件中寻找对应的残基力场信息。

ndx：原子索引文件（.ndx）。该文件含原子的序号，当使用make_ndx程序生成索引文件时，可以定义不同的原子组，每组名下即是该组所含各个原子的序号。

运行输入文件：

tpr：系统拓扑，参数，坐标，速度（binary file， portable file可移植文件）

tpa：系统拓扑，参数，坐标，速度（ascii）

tpb：系统拓扑，参数，坐标，速度（ascii，binary）

一般的运行输入文件：tpr tpa tpb

轨迹文件：

tng：any kind of data(compressed, portable, any precision)

trj: x, v and f (binary, full precision)

trr: x, v and f (binary, full precision, portable)

xtc:x only (compressed, portable, any precision)

gro: x and v (ascii, any precision)

g96: x only (ascii, fixed high precision)

pdb: x only (ascii, reduced precision)

Formats for full-precision data: tng, trr or trj

Generic trajectory formats: tng, xtc, trr, trj, gro, g96, pdb

能量文件：

ene：energies, temperature, pressure, box size, density and virials (binary)

enr：energies, temperature, pressure, box size, density and virials (binary, portable)

模拟输出的系统能量文件（energy，.edr）。该文件记录模拟输入文件中定义的能量组的各种相互作用能量等。

其他文件：

log：日志文件

cpt：该文件为模拟断点文件（check point，.cpt）。该文件为模拟过程固定时间间隔产生，保存模拟系统所有信息。该文件一部分可以在能量文件（.edr）找到，一部分可以在双精度轨迹文件（.trr）中找到。如果模拟不幸因为外界条件中断（如断电，模拟人发脾气砸电脑等），可以使用该文件重新在断点处开始模拟，以节省模拟时间。同时也可以依靠该断点文件开始，并延长模拟计算（见tpbconv）。