Pathway富集分析气泡图

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篇首语:本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理,主要介绍了Pathway富集分析气泡图相关的知识,希望对你有一定的参考价值。

  1. data.tsv 
  2. > pathway = read.table("data.tsv",header = T, sep="\\t")
    > library(ggplot2) 
    > p = ggplot(pathway,aes(Pvalue,Pathway))
    > p=p + geom_point()  
    > p=p + geom_point(aes(size=Count))
    > pbubble = p+ geom_point(aes(size=Count,color=-1*log10(Pvalue)))
    > pr = pbubble+scale_color_gradient(low="green",high = "red")
    > pr = pr+labs(color=expression(-log[10](Pvalue)),size="Gene number",  
    +              x="Pvalue",y="Pathway name",title="Pathway enrichment")
    > pr=pr + theme_bw()

     

以上是关于Pathway富集分析气泡图的主要内容,如果未能解决你的问题,请参考以下文章

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