Docker方式安装QIIME 2

Posted 弗雷塞斯

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篇首语:本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理,主要介绍了Docker方式安装QIIME 2相关的知识,希望对你有一定的参考价值。

# 下载最新版QIIME 2
docker pull qiime2/core:2017.7
# 测试是否安装成功
docker run -t -i -v $(pwd):/mnt/hgfs/2017 qiime2/core:2017.7 qiime
# 启动docker命令行,挂载目录至/mnt/hgfs/2017目录,退出自动移除
docker run --rm -v $(pwd):/mnt/hgfs/2017 --name=qiime -it qiime2/core:2017.7
这就相当于打开了一个软件工作环境,目录/mnt/hgfs/2017为当前工作目录,可方便分析数据
 
删除镜像
先删除由这个镜像启动的容器
docker rm eef3648a6e77
eef3648a6e77是容器id
删除镜像
docker rmi 195eb90b5349
195eb90b5349是镜像id

以上是关于Docker方式安装QIIME 2的主要内容,如果未能解决你的问题,请参考以下文章

Qiime2(一)-安装

qiime1和2有啥不同

Qiime2(二)-将16S 数据导入QIIME 2

QIIME2使用方法

使用R语言获得16S物种丰度

Qiime2 数据导入