fasta文件拆分与合并

Posted 2020-06-27

Linux中fasta文件的拆分与合并

FASTA文件的拆分：

（1）如果从一个文件a提取第11至20个序列存到另一个文件b：

awk -v RS=‘>‘ ‘NR>1{i++}i>=10&&i<=21{print ">"$0}‘ a.fasta|sed ‘/^$/d‘>b.fasta

（2）将某一文件a中每一条序列保存到一个文件中：

awk ‘/^>/{f=++d".fasta"} {print > f}‘ input.fasta

FASTA文件合并：

cat *.fasta > output.fasta
cat `ls -tr *.fasta` > output.fasta  #按时间反序的顺序合并文件

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