perl 模块的创建以及制定perl 模块的路径

Posted 2020-10-01 庐州月光

1） perl 模块的创建

perl 模块的后缀名为.pm, 其中的内容和一般的perl脚本相同， perl模块中通常放置可重用的函数以及变量，

比如创建一个fasta.pm,里面包含一个统计fasta序列中gc碱基个数的方法：

 1 #/usr/bin/perl 
 2 package fasta;
 3 use warnings;
 4 use strict;
 5 
 6 sub run {
 7     my $seq = shift;
 8     return $seq =~ tr /GCgc/GCgc/;
 9 
10 }    
11 
12 1;

然后写一个脚本检测一下该模块是否起作用：

#!/usr/bin/perl 
use fasta;

my $seq = qq{ATCGCTACGACG};

my $gc = fasta::run($seq);

print qq{$gc\n};

运行该脚本，输出结果为7， 可以看出结果确实是GC碱基的个数；

这个测试的脚本和fasta.pm 是放在同一个目录下的， 当脚本和模块放置在不同的目录时，

为了使用该模块， 就必须指定模块所在目录；

2) 指定perl模块目录

比如fasta.pm 所在目录为/home/xudl/perl

第一种方式： 设置环境变量PERL5LIB,

在~/.bashrc 中添加

export PERL5LIB=$PERL5LIB:/home/xudl/perl;

然后source ~/.bashrc 使这个新修改的环境变量生效即可；  

第二种方式， 在脚本中使用use lib

use  lib "/home/xudl/perl"；

然后就可以使用

use fasta;