宏基因组测序及分析

Posted 2020-09-30 弗雷塞斯

宏基因组测序：

1. 浓度>=50ng/ul
2. OD260/280：1.8-2.0
3. DNA两次需要量>=3ug

宏基因组测序需要提供什么样品要求？

（1）提供环境微生物的基因组DNA或者扩增产物，OD值在1.8～2.0 之间；样品浓度大于30 ng/ul；每次样品制备需要10μg样品，如果需要多次制备样品，则需要样品总量=制备样品次数*10 ug。

（2）DNA样品请置于-20℃保存；请提供DNA样品具体浓度、体积、制备时间、溶剂名称。请同时附上QC数据，包括电泳胶图、分光光度或Nanodrop仪器检测数据。

（3）样品请置于1.5 ml管中，管上注明样品名称、浓度以及制备时间，管口使用Parafilm封口。建议使用干冰运输，并且尽量选用较快的邮递方式，以降低运输过程中样品降解的可能性。

 

采用Solexa进行宏基因组测序，测序文库构建方法及质量控制如何？

答：采用Solexa进行宏基因组 DNA测序，首先对特定环境微生物种群全基因组DNA进行提取。在提取微生物种群的DNA后制备DNA文库，具体步骤如下：

（1）将DNA随机打断成200-500bp的片段；

（2）对DNA末端进行修复；

（3）将“A”碱基加入到DNA片段的3’末端；

（4）在DNA片段的末端加上接头；

（5）纯化连接产物；

（6）PCR扩增连上接头的DNA片段；

（7）检测测序文库。