PHI 数据库简介

Posted 2020-09-30 庐州月光

PHI是一个致病菌的数据库，截止到2017年8月1号为止，最新的版本是4.3，数据库中收录了实验验证过的致病菌的信息，其中有176个来自动物的致病菌，227个来自植物的致病菌，3个来自真菌的致病菌;

4.3版本中数据库的具体信息如下：

共收录了4775个基因， 相互作用有8610条， 致病菌有264种， 宿主有173种，疾病有428种，References 参考文献有2330种

数据库网址如下：

http://www.phi-base.org/index.jsp

在数据库的记录中，包含以下几个比较常用的字段的信息：

 GENE NAME                   : 基因名称

HOSE SPECIES               : 宿主的物种名称

PATHOGEN SPECIES       : 致病菌的名称

DISEASE NAME              : 疾病名称

PHI-BASE ACCESSIONID : phi-base 数据库的编号

PHENOTYPE  MUTANT    : 致病菌导致的表型变化

EXPERIMENTAL EVIDENCE : 实验证据

MULTIPLE MUTATION          : 

以基因 AcpC 为例，进行检索

在输入框中输入基因名称，点击SEARCH 按钮，检索出来的结果如下：

图片左侧的输入框提供了不同的筛选项，可以根据Year等因素对结果进行进一步筛选，右侧的表格是检索出的最终结果

 phi-base 是可以免费下载的，首先需要注册一个账号,点击Download 按钮会提示注册账号，注册的过程就不详细写了，注册完成之后就可以看到下载链接：

phi-base 提供了两种下载方式：

第一种：下载fasta格式的序列，可以方便的用构建本地版的blast数据库，对基因进行功能注释

第二种：csv格式的整个数据库，这种下载方式得到的信息更加全面

下载到的fasta部分内容如下：

>A0A023H5D8#PHI:6442#EepR#615#Serratia_marcescens#reduced_virulence
MDNNHQKFDSQSIANRVRELFLHYGIGKRQHARELSRILDLSFSHAHRKLKGQSPWTLEQINSVAAALGETPAAIADLSAEHETTEPNMARDAIFFVAGVAMPCVGHIGDELPAGRPAEFVALRVEGQWHIYRADEAPAGPRYGV
>A0A023NA98#PHI:3354#rtxA1#672#Vibrio_vulnificus#reduced_virulence
MGKPFWRSVEYFFTGNYSADDGNNSIVAIGFGGEIHAYGGDDHVTVGSIGAKVYTGSGNDTVVGGSAYLRVEDTTGHLSVKGAAGYADINKSGDGNVSFAGAAGGVSIDHLGNHGDVNYGGAAAYNGITRKGLSGNVTFKGAGGY

 

 可以看到为蛋白质序列，可以通过blastp对基因进行致病性的功能注释

csv格式如下：

csv文件为整个数据库的所有记录，包含的字段很多，比较重要的还是之前的几个字段；

参考资料 ： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16381911