解决invalid record found in VCF4 file (at least 8 tab-delimited fields expected)问题

Posted 2020-09-29 橙子牛奶糖

出现这种问题说明一般存在两个问题：

第一，vcf文件不足8个分割制表符，比如像如下文件：

为了解决这个问题，说明在做snp filter时候，需要提取至少8个制表符的字符串，比如，像如下文件所示：

第二个问题：字符串之间是非制表符分隔的，比如下图：

显然，上图字符串之间的间隔只有一个空格，因此需要将空格改为制表符格式，可以用以下脚本修改：

perl -alne \'{print "$F[0]\\t$F[1]\\t$F[2]\\t$F[3]\\t$F[4]\\t$F[5]\\t$F[6]\\t$F[7]\\t$F[8]\\t$F[9]"}\' inputfile >outputfile

　　对于多个文件，可用以下循环命令：

for i in *.inputfile
do
echo $i
perl -alne \'{print "$F[0]\\t$F[1]\\t$F[2]\\t$F[3]\\t$F[4]\\t$F[5]\\t$F[6]\\t$F[7]\\t$F[8]\\t$F[9]"}\' $i >${i%%.*}.outputfile
done

　　最后，转化的效果如下：

从上图可以 看出，字符串之间的间隔拉大了，即已经变为制表格格式。