23andmegsawegene各染色体位点统计

Posted 2020-09-29 200572

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shell还没入门，确切的说是还没学，用python3写了个小脚本统计23andme、gsa、wegene各染色体位点.
代码如下：
23andme:

chromesomeset = set()
snp = {}
for x in range(1,24):
	snp[str(x)] = 0
snp[‘X‘] = 0
snp[‘Y‘] = 0
snp[‘MT‘] = 0
print(snp)
chromesome = ‘‘
inf = open(‘genome_jun_v3_Full_201608225359.txt‘)

for line in inf:
	if line.startswith(‘r‘):
		#snp_name = line.strip().split(‘\t‘)[0]
		chromesome = line.strip().split(‘\t‘)[1]
		chromesomeset.add(chromesome)
		snp[chromesome] += 1
		#print(chromesome)
		#print(snp[%s % str(chromesome)])
		
sorted(snp.keys())
for chromesome in chromesomeset:
	print(chromesome, ‘\t‘, snp[chromesome])

gsa的同上，稍做一两处调整。
wegene的没有源数据，找的生信菜鸟团jimmy的shell

cut -f 2 jimmy_wegene.txt | unique -c |grep -v "^#" 

# 结果分析

从图中可以看出，毕竟23andme是最早做的，位点最多，但是，现在来讲，大约也就上千个点可以被解读，所以意义不大。但是，国内公司的还是引入了中国人的特征位点的，更具有人群优势，适合国人的基因检测，现阶段，大概也就这样了，不知何时可以每个人做全外或全基因检测。