Biocode产生三行的seq+01序列

Posted 2020-09-27 于淼

代码说明：

sequence.txt与site.txt整合 如下图：

sequence.txt:

site.txt:

整理之后如下：

蛋白质序列中发生翻译后修饰的位置标记为“1”，其他的位置标记为“0”

代码如下：

#include<stdio.h>
#include<stdlib.h>
#include<iostream>
#include<string.h>
#include<algorithm>
#include<time.h>
#include<math.h>
using namespace std;
char str[50000];
char s[5000];
int map[50000];
int main()
{
    //序列与位点结合 输出 一行序列 一行0 1 样本 
    int i,j,k,l,m,n;
    //序列文件 
    FILE *p=fopen("sequence.txt","r");
    //位置文件 
    FILE *p1=fopen("site_after.txt","r");
    //输出文件 
    freopen("3lines_sequence.txt","w",stdout);
    while(fgets(str,1000,p))
    {
        printf("%s",str);
        fgets(str,50000,p);
        l=strlen(str);
        printf("%s",str);
        fgets(s,5000,p1);
        char *pp=strtok(s," ");
        i=0;
        memset(map,0,sizeof(map));
        while(pp!=NULL)
        {
            k=atoi(pp);
        //    printf("**%d\\n",k);
            map[k-1]=1;
            pp=strtok(NULL," ");
        }
        for(i=0;i<l-1;i++)
        {
            if(map[i]==1)
            printf("1");
            else
            printf("0");
        }
        printf("\\n");
    }
    return(0);
}

注：

①在初始化字符数组的时候，空间要大于所读取文件最长的长度，否则会出现篡位的问题。