BioCode将多个蛋白质序列分成单个的txt文档
Posted 于淼
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篇首语:本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理,主要介绍了BioCode将多个蛋白质序列分成单个的txt文档相关的知识,希望对你有一定的参考价值。
代码说明:
fasta格式的蛋白质序列,一个txt里面有很多蛋白质序列,计算ss、pssm或disorder score时候都需要单条计算,需要分开。
分割前:
分割后:
show you the code:
package single; import java.io.BufferedReader; import java.io.FileNotFoundException; import java.io.FileReader; import java.io.*; import java.io.IOException; //将整个文件分成单个的TXT文件 public class Single { public static void getTxt(String path) throws IOException { try { FileReader reader = new FileReader(path); BufferedReader br = new BufferedReader(reader); String str = null; String str1 = null; int count = 0; while ((str = br.readLine()) != null) { System.out.println(str); str1 = br.readLine(); count++; //E:\\experiment----N-formylated\\single FileWriter fileWritter = new FileWriter("E:\\\\experiment--help\\\\linglingbao\\\\new-single\\\\" + count + ".txt");//使用数字对每个txt编号 BufferedWriter bufferWritter = new BufferedWriter(fileWritter); bufferWritter.write(str+"\\n"); bufferWritter.write(str1); bufferWritter.flush(); } System.out.println(count); br.close(); reader.close(); } catch (FileNotFoundException e) { // TODO Auto-generated catch block e.printStackTrace(); } } public static void main(String[] args) { String path = "E:\\\\experiment--help\\\\linglingbao\\\\new-single\\\\seq.txt"; try { getTxt(path); } catch (IOException e) { // TODO Auto-generated catch block e.printStackTrace(); } } }
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