OTU rank curve（Rank Abundance 曲线）基本概念

Posted 2020-09-25 Digital-LI

16S结题报告中都会有这么一张图：

这张图是OTU Rank曲线，该曲线可以展示样品的多样性。而样品的多样性常通过以下两个方面进行解释：物种的丰富程度和均匀程度。Rank曲线中，曲线在横轴上的跨度越长，表明样品的物种含量越丰富；曲线越平坦，表示样品的物种组成越均匀。

图中，横坐标按照丰度由高至低排序的OTU数量，纵坐标为OTU丰度。样本曲线的延伸终点的横坐标位置为该样本的OTU数量。若曲线越平滑下降，表明样本的多样性高；若曲线快速陡然下降。则表明样本中的优势菌群所占比例高，多样性低。

relative abundance：就是该OTU所包含的序列数除以总的序列数，从上图可以看出丰度最高的OTU在10%~100%。

不搞清楚原理，这张图还是很难理解的。

这有点类似于计算N50，把所有OTU按照相对丰度排序，然后一个一个叠加，假设第一个OTU20%，第二个OTU15%，然后依次往后画图，连成一条线。

实际上我们最后画图的表格就是下面这样的，很简单明了。

该图的意义：

1. 物种的丰富程度，横坐标看到底有多少个OTU

2. 物种的均匀程度，纵坐标随横坐标移动趋势，看OTU丰度的分布趋势，是速降，还是缓慢下降。

 

参考资料：

Rank Abundance 曲线

环境微生物群落多样性分析

内部结题报告