4.探寻腹主动脉瘤的关键基因

Posted 2023-05-06

参考技术A GSE7084: 7 AAA, 8 normal
GSE47472: 14 AAA, 8 normal
GSE57691: 49 AAA, 10 normal

DEG: R语言(limma+metaMA, threshold: FDR<0.01)
Metascape software: GO和KEGG富集分析
BioGRID,Cytoscape: PPI
TRANSFAC: TFs in the human genome and the motifs of genomic binding sites
UCSC: the 2 KB sequence in the upstream promoter region of DEGs
IHC: 验证关键DEG
pROC package: 关键DEG的ROC曲线

2.前10的上下调差异基因

4.BP富集分析结果

5.MF富集分析结果

6.CC富集分析结果

7.前10的GO分析展示

8.KEGG富集分析

9.明显富集VSMC收缩通路展示

10.明显富集肿瘤信号通路展示

11.前20的转录因子网络

12.前5的转录因子及其靶向基因

13.前20DEG的PPI网络

14.在组织中通过IHC验证关键DEG的表达

15.几个关键DEG在诊断中的作用

ffpe样本可以进行全基因组测序么

可以进行，蜡块组织样本中具有细胞的全套基因组 参考技术A 代谢通路是kegg数据库里的pathway数据库。可以通过全基因组预测了编码基因后，进行pathway数据库注释，从注释结果的功能信息中通过关键字查找。一般都能找到。如果找不到，有可能是关键字不对或者基因组中没有这样的代谢通路功能基因。
一般现在的科技服务公司如果做了kegg pathway数据库注释的话，都会做代谢通路图的注释，可以从结果文件中的代谢通路图查找，找到想要的代谢通路图后，再分析哪些基因在基因组上存在。本回答被提问者采纳