与R纠缠的两件事——rownames和子集--转载

Posted 2020-09-23 nkwy2012

与R语言纠缠了一个星期，从快速上手的暗暗得意，到之后某些细节的纠结烦躁，过山车式体验中，我逐渐才认识了真实的R语言。

期间遇到两个很烦恼的问题，一个是让人烦躁抓狂，另一个是无意发现的重大错误。

1.      令人抓狂的rownames

若数据矩阵datamatrix如图1，无列名和行名及表头。若c1~c4分别为colnames，而r1~r5为rownames，表头为A。

图1：datamatrix

如何添加c1~c4？r1~r5?

coln = c(”c1”,”c2”,”c3”,”c4”)

rown = c(”r1”,”r2”,”r3”,”r4”,”r5”)

colnames(datamatrix) = coln

rownames(datamatrix) = rown

如何添加表头A？

colnames(datamatrix) = c(“A”,”c1”,”c2”,”c3”,”c4”)

上述命令会直接报错，列数不匹配。

colnames(datamatrix)[1] = “A”

上命令会让矩阵变成?如图2所示

图2：datamatrix

究其本质，都是因为colnames()函数默认调用的都是真实数据上（x1~x4）的列名，而不认识行名上(r1~r5)的列名。

       正确添加表头命令为：

       datamatrix= cbind(rownames(datamatrix),datamatrix)#将行名加入矩阵

       rownames(datamatrix)[1]= “A”

实现后矩阵如图3，

图3：datamatrix

另外

?read.table或wirte.table中也有row.names和col.names条件格式。与上rownames和colnames不仅书写上有区别，意义上也有。row.names用于指定行名。数值为k时，则将第k列设置为列名，并将其从数据矩阵中移除。而write.table中row.names=F将矩阵的行名剔除后写进table.

2.      子集选取（"numeric"和"character"之争）

genename =

            CRHBP,….

mode(genename)  =

         “numeric”

m1 为如下矩阵

图4：m1

mode(m1)  =

           "numeric"?

若要在m1中选取genename对应的id所在行的子集，命令应该为：

m1[genename,]

?但结果很诡异，返回的并不是id对应为CRHBP所在行，返回却是CRHR1所在行

 

要想返回所选的行，必须先将genename转换为character类型，才是准确的。

genename <- as.character(genename)

m1[genename,]

此时，结果才?为所求行。