fasta文件中序列的排序

Posted 2020-09-18 Bio-Liu

同样的名为read_1.fa 的fasta文件，里面有若干序列，如：

>@r1
TGAATGCGAACTCCGGGACGCTCAGTAATGTGACGATAGCTGAAAACTGTACGATAAACNGTACGCTGAGGGCAGAAAAAATCGTCGGGGACATTNTAAAGGCGGCGAGCGCGGCTTTTCCG
>@r2
NTTNTGATGCGGGCTTGTGGAGTTCAGCCGATCTGACTTATGTCATTACCTATGAAATGTGAGGACGCTATGCCTGTACCAAATCCTACAATGCCGGTGAAAGGTGCCGGGATCACCCTGTGGGTTTAT
>@r3
ATCGCCCGCAGACACCTTCACGCTGGACTGTTTCGGCTTTTACAGCGTCGCTTCATAATCCTTTTTCGCCGCCGCCATCAGCGTGTTGTAATCCGCCTGCAGGATTTTCCCGTCTTTCNGTGCCTTGNT
..........等等

 

直接看代码：

 1 #encoding = utf-8
 2 
 3 """
 4 简介：fasta文件中按id或者seqence长度排序
 5 作者：刘自军
 6 data:2017年5月17 21:38
 7 """
 8 
 9 import sys 
10 
11 args = sys.argv
12 
13 fasta = {}
14 with open(args[1]) as f:
15 
16     for line in f:
17         line = line.strip()
18         if line.startswith(‘>‘):
19             ID = line
20             fasta[ID] = ‘‘
21         else:
22             fasta[ID] += line
23 
24     if args[2] == ‘id‘:
25         fasta = sorted(fasta.items(),key=lambda i:i[0])  #按id排序
　　　　　　 #python3中废除类iteritems(),但用items()可以实现同样的效果
26     elif args[2] == ‘len‘:
27         fasta = sorted(fasta.items(),key=lambda i:len(i[1]))  #按每个序列的长度排序
28     else:
29         fasta = fasta.items()
30 
31     for k,v in fasta:
32             print (‘%s\n%s‘ %(k,v))