用awk和sed快速将fasta格式的序列改成一行显示

Posted 2023-04-23

参考技术A

`> sq1
foofoofoobar
foofoofoo

For awk:
awk \'/^>/&&NR>1print ""; printf "%s",/^>/ ? $0" ":$0 \' YourFile

For sed:
sed -n \'1x;d;x;$H;x;s/\\n/ /1;s/\\n//g;p;b;/^>/x;s/\\n/ /1;s/\\n//g;p;b;H\' YourFile

Today, I want to extract contig which is more 500bp from my aseembly result, So I do that as following:
sed -n \'1x;d;x;$H;x;s/\\n/ /1;s/\\n//g;p;b;/^>/x;s/\\n/ /1;s/\\n//g;p;b;H\' |awk \'if (length($5)>500 ) print ">contig-"FNR"\\n"$5\'

fasta文件拆分与合并

Linux中fasta文件的拆分与合并

FASTA文件的拆分：

（1）如果从一个文件a提取第11至20个序列存到另一个文件b：

awk -v RS=‘>‘ ‘NR>1{i++}i>=10&&i<=21{print ">"$0}‘ a.fasta|sed ‘/^$/d‘>b.fasta

（2）将某一文件a中每一条序列保存到一个文件中：

awk ‘/^>/{f=++d".fasta"} {print > f}‘ input.fasta

FASTA文件合并：

cat *.fasta > output.fasta
cat `ls -tr *.fasta` > output.fasta  #按时间反序的顺序合并文件

• 转载自：http://www.yelinsky.com/blog/archives/380.html