优达学城-并行编程-Unit2 通信模块同步机制原子操作

Posted 2020-09-10 羊丽素

(一). Parallel communication Patterns

在上一章CUDA系列学习（二）CUDA memory & variables中我们介绍了memory和variable的不同类型，本章中根据不同的memory映射方式，我们将task分为以下几种类型：Map, Gather, Scatter, Stencil, transpose.

1.1 Map, Gather, Scatter

• Map: one input - one output
• Gather: several input - one output 
  e.g image blur by average
• Scatter: one input - several output 
  e.g add a value to its neighbors 
  (因为每个thread 将结果scatter到各个memory，所以叫scatter)

图为Map, Gather & Scatter示意图:

fififififififiifififififiififif  :AOS 结构数组

转置后

ffffffffffffiiiiiiiiiiiii  ：SOA 数组结构

对需要大量操作其中一个元素时贼有用

1.2 Stencil, Transpose

• stencil: 对input中的每一个位置， 
  stencil input：该点的neighborhood 
  stencil output：该点value 
  e.g image blur by average 
  这样也可以看出，stencil和gather很像，其实stencil是gather的一种，只不过stencil要求input必须是neighborhood而且对input的每一个元素都要操作 
  图示：

  1. 2D stencil: (示例为两种形式) 
      
  2. 3D stencil: 
     

• transpose 
  input：matrix M 
  output: M^T 
  图示：

  1. Matrix transpose 
     

  2. Transpose represents in vector 
     

  3. fififififififiifififififiififif  :AOS 结构数组
     转置后
     ffffffffffffiiiiiiiiiiiii  ：SOA 数组结构
     对需要大量操作其中一个元素时贼有用

      

  4.  

几种机制：

映射/转置：一对一的每个输入映射到单个唯一的输出

收集操作：很多对一很多可能的输入被选来计算一个输出

分散：每个线程在很多可能的目的地输出

模板：特殊输出 多对一

归约：全对一

扫描/排序：全对全

Exercise 
Q: 
看这个quiz图，给每个蓝线画着的句子标注map/gather/scatter/stencil/transpose: 

A:四个位置分别选AECB。 
这里我最后一个选错成B&D, 为什么不选D呢？看stencil的定义：如果是average，也应该对每一个位置都要进行average，而题目中有if(i%2)这个condition。

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那么对于不同的Parallel communication Patterns需要关注哪些点呢？ 
1. threads怎样高效访问memory？- 怎样重用数据？ 
2. threads怎样相互交互部分结果？（通过sharing memory）这样安全吗？

我们将在下一节中首先回顾讲过的memory model，然后结合具体问题分析阐述how to program。

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(二). Programming model and Memroy model

第一讲和第三讲中我们讲过SM与grid, block, thead的关系：各个grid, block的thread组织（gridDim，blockDim，grid shape, block shape）可以不同，分别用于执行不同kernel。 

如我们第一章所讲，不同GPU有不同数量的硬件SM（streaming Multiprocessors），GPU负责将这些block分配到SMs，所有SM独立，并行地跑。

2.1 Memory model

第二讲中我们讲了memroy的几种形式，这里我们先来回顾一下memory model.

每个thread都可以访问： 
1. 该thread独占的local memory 
2. block内threads共享的shared memory 
3. GPU中所有threads（包括不同SM的所有threads）共享的global memory

下面复习一下，做两个quiz。

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Quiz -1 : 

Ans：选择A,B,D 
解读：根据定义，一个block只能run在一个SM；SM中不同blocks的threads不能cooperate

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Quiz - 2 : 

Ans: 都不选~~~ 
解读：block执行时间及顺序不可控；block分配到哪个SM是GPU做的事情，并非programmer能指定的；

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2.2 Memory in Program

How to write Efficient Programs from high level

1. maximize arithmetic intensity 
   arithmetic intensity = calculation/memory 
   即要maximize calculation per thread 并 minimize memory per thread(其实目的是minimize memory access的时间) 
   方法：经常访问的数据放在可快速访问的memory（GPU中不同memory在硬件层的介绍参考第二章），对于刚才讲的local, shared and global memory的访问速度, 有 
   local > shared >> global >> CPU memory 
   所以，比如我想经常访问一个global memory，那可以在kernel中先将该global memory variable赋值给一个shared memory variable, 然后频繁访问那个shared memory variable.

2. minimize memory access stride 
   如coalesce memory access图所示: 
   

   如果GPU的threads访问相邻memory，我们称为coalesced，如果threads间访问memory有固定步长(蹦着走)，我们称stripped，完全没规律的memory访问称为random。访问速度，有 
   coalesced > strided > random

3. avoid thread divergence 
   这个我们在前两讲中有过相应说明。

Exercise:

给下面这段代码中5,6,7,8行的几句话执行速度排序（1最快，4最慢）：

1   __global__ void f(float* x, float* y, float* z){
2       float s,t,u;
3       __shared__ float a,b,c;
4       ...
5       s = *x;
6       t = s;
7       a = b;
8       *y = *z;
9   }

 

速度还是本地的T、S最快啦！！！！！！

但是本地内存是share还是global呢？

*y和*z才是global

 

而且 a=b是share memory既然是比本地慢的为什么还要用share来传递数组让速度变快呢？？不懂啊

懂了 核函数里传入参数（带指针的部分）是global内存里的 自己设的shared 参数是share内存里的

然后核函数里不带开头符号的参数是local 内存里的 也就是每一条线程里的东西

如果我不用share初始化一个数组，直接初始化一个数组 那么就表示每个线程里都有一个数组了 麻辣鸡 而我不需要这么做啊~

Ans: 5,6,7,8行执行速度为：3,1,2,4。

下面一节我们来看具体programming问题中的流程控制与同步。

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(三). Control flow and synchronisation

3.1 program 运行顺序

在讲流程控制之前我们首先看一个例子，用来测试不同block的运行顺序。

Demo code:

#include <stdio.h>
#define Num_block 16
#define Num_thread  1

__global__ void print(){
     printf(“Num: %d\\n”,blockIdx.x);
}

int main(){
    //launch the kernel
    print<<<Num_block, Num_thread>>>();
    cudaDeviceSynchronize();// what is the function of this sentence? - force the printf()s to flush， 不然运行时显示不出来
    return 0;
}

 

编译命令： 
nvcc -arch=sm_21 -I ~/NVIDIA_GPU_Computing_SDK/C/common/inc print.cu

运行两次结果：

可见程序执行每一次的结果都不同，也就是不同block之间的执行顺序是不可控的，正如刚才quiz的ans。那么如果我们希望同步各个threads呢？

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3.2 同步机制

第二章中我们在一个例子中引入并使用了同步函数syncthreads(), 即设置一个barrier，使所有threads运行到同步函数的时候stop and wait, 直到所有threads运行到此处，那么问题来了。

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Exercise: 
考虑一个程序，将每个位置i的元素移到i-1的位置，需要多少个syncthreads()？ 
e.g kernel中声明如下：

…
int idx = threadIdx.x;
__shared__ int array[128];
array[idx] = idx;
if (idx<127){
     array[idx + 1] = array[idx];
}
…

Ans: 3个~

…
int idx = threadIdx.x;
__shared__ int array[128];
array[idx] = idx;
__syncthreads(); //如果不加将导致array还没赋值就被操作
if (idx<127){
     int tmp = array[idx];
     __syncthreads();//如不加导致先读后写，数据相关
     array[idx] = tmp;
     __syncthreads(); //如不加不能确保下面的程序访问到正确数据
}
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Quiz: 看下面这个程序会不会出现collision，哪里会出现collision?

1__global__ void f(){
2    __shared__ int s[1024];
3    int i = threadIdx.x;
4    __syncthreads();
5    s[i] = s[i-1];
6    __syncthreads();
7    if(i%2)   s[i] = s[i-1];
8    __syncthreads();
9    s[i] = (s[i-1]+s[i+1])/2;
10    printf(“%d\\n”,s[i]);
11 }

 

Ans: Collision在 
1. 第5行，如上题，应为int tmp = s[i-1]; __syncthread(); s[i] = tmp; 
2. 第9行，同理 
PS： 第7行是没问题的，模拟一下就知道

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3.3 Atomic Memory Operation

这一节中我们将要接触到原子操作。 
首先考虑一个问题：用1000000个threads给一个长为10个元素的array做加法，希望每个thread加100000，这个代码大家先写写看，很简单，依照我们之前的方法有下面的code:

注：这里的gputimer.h请去我的资源页面自行下载。

#include <stdio.h>
#include "gputimer.h"
using namespace Gadgetron;


#define NUM_THREADS 1000000
#define ARRAY_SIZE  10
#define BLOCK_WIDTH 1000
void print_array(int *array, int size)
{
    printf("{ ");
    for (int i = 0; i<size; i++)  { printf("%d ", array[i]); }
    printf("}\\n");
}
__global__ void increment_naive(int *g)
{
     // which thread is this?
     int i = blockIdx.x * blockDim.x + threadIdx.x;
     // each thread to increment consecutive elements, wrapping at ARRAY_SIZE
     i = i % ARRAY_SIZE; 
     g[i] = g[i] + 1;
}
__global__ void increment_atomic(int *g)
{
     // which thread is this?
     int i = blockIdx.x * blockDim.x + threadIdx.x;
     // each thread to increment consecutive elements, wrapping at ARRAY_SIZE
     i = i % ARRAY_SIZE; 
     atomicAdd(&g[i], 1);
}
int main(int argc,char **argv)
{  
    GPUTimer timer;
    printf("%d total threads in %d blocks writing into %d array elements\\n",
           NUM_THREADS, NUM_THREADS / BLOCK_WIDTH, ARRAY_SIZE);
    // declare and allocate host memory
    int h_array[ARRAY_SIZE];
    const int ARRAY_BYTES = ARRAY_SIZE * sizeof(int);

    // declare, allocate, and zero out GPU memory
    int * d_array;
    cudaMalloc((void **) &d_array, ARRAY_BYTES);
    cudaMemset((void *) d_array, 0, ARRAY_BYTES);
    // launch the kernel - comment out one of these
    timer.start();
    //increment_atomic<<<NUM_THREADS/BLOCK_WIDTH, BLOCK_WIDTH>>>(d_array);
    increment_naive<<<NUM_THREADS/BLOCK_WIDTH, BLOCK_WIDTH>>>(d_array);
    timer.stop();

    // copy back the array of sums from GPU and print
    cudaMemcpy(h_array, d_array, ARRAY_BYTES, cudaMemcpyDeviceToHost);
    print_array(h_array, ARRAY_SIZE);

    // free GPU memory allocation and exit
    cudaFree(d_array);
    return 0;
}

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执行两次的结果： 

可见结果里每个元素都是648/647，不符合预期100000。这是为什么呢？

看我们的kernel部分代码，每次执行g[i] = g[i] + 1, 一个read-modify-write操作，这样会导致许多线程读到g[i]的value，然后慢的线程将快的线程写结果覆盖掉了。如何解决呢？我们引入原子操作（atomic operation）, 更改上面的kernel部分为：

__global__ void increment_atomic(int *g)
{
     // which thread is this?
     int i = blockIdx.x * blockDim.x + threadIdx.x;
     // each thread to increment consecutive elements, wrapping at ARRAY_SIZE
     i = i % ARRAY_SIZE; 
     atomicAdd(&g[i], 1);
}

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我们可以得到结果： 

可见，结果正确。那么原子操作atomicAdd用了怎样的机制呢？——原子操作用了GPU built-in的特殊硬件，用以保证原子操作（同一时刻只能有一个thread做read-modify-write操作）

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这里来看一下原子操作的limitations: 
1. only certain operations, data type（功能有限） 
2. still no ordering constraints（还是无序执行） 
3. serializes access to memory（所以慢）

 

原子操作的限制：

1.只有有限操作是允许的 原子加原子减原子异或原子交换 且大部分数据类型为整型 原子加、交换支持浮点运算

但是通过交换和加可以实现任何运算

 2浮点运算的运算先后顺序是会影响结果的（a+b）+c !=a+(b+c)

3.后台并没有发生神奇的事情 线程操作序列的顺序会影响计算速度

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用X个进程对Y个元素进行修改成功与否 消耗时间排序

第四个情况比第二个情况快一点点的原因是10的6次方个元素量太大以至于会被存到公共内存中，虽然他们都操作了1000000此线程

第三种情况最快是因为没有使用原子操作且操作元素只有100个 放在了快存里，反正发生冲突他也不管的虽然和第一种情况都操作了100000次

 

 

 

避免线程发散

 

线程发散不好的原因，蓝色的循环一遍后就干坐着等别的循环做完一起抵达barrier再行动 闲等的时间资源被浪费，而最后所用时间就是循环最久的线程用的时间

 

 

(四). 总结

本节课介绍了以下内容：

• communication patterns

  • map
  • gather
  • scatter
  • stencil
  • transpose

• gpu hardware & programming model

  • SMs, threads, blocks ordering
  • synchronization
  • Memory model - local, global, shared memory

• efficient GPU programming

  • coalesced memory access
  • faster memory for common used variable

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OK~ 第三课就结束了，过两天我把exercise上上来~ 敬请关注~.~