bed文件怎么看区域大小

Posted 2023-04-12

bed文件怎么看区域大小
1）BED文件

BED 文件(Browser Extensible Data)格式是ucsc 的genome browser的一个格式 ,提供了一种灵活的方式来定义的数据行，以用来描述注释信息。BED行有3个必须的列和9个额外可选的列。每行的数据格式要求一致(见下图)。 每条线的字段数目必须是任意单条数据的在注释上一致。



BED文件结构：
-------------------------------------------------------------必须有以下3列------------------------------------------------------------------------
chrom :即染色体号
chromStart :即feature在染色体上起始位置 。在染色体上最左端坐标是0
chromEnd :即feature在染色体上的终止位置。例如一个染色体前100个碱基定义为chromStart=0, chromEnd=100, 跨度为 0-99.
----------------------------------------------------------------可选9列-------------------------------------------------------------------------------
name ：feature的名字 ，在基因组浏览器左边显示；
score ：在基因组浏览器中显示的灰度设定，值介于0-1000；


strand ：定义链的方向，''+” 或者”-”
thickStart ：起始位置(例如，基因起始编码位置）
thickEnd ：终止位置（例如：基因终止编码位置）　
itemRGB ：是一个RGB值的形式, R, G, B (eg. 255, 0,0), 如果itemRgb设置为'On”, 这个RBG值将决定数据的显示的颜色。
blockCount ：BED行中的block数目，也就是外显子数目
blockSize：用逗号分割的外显子的大小, 这个item的数目对应于BlockCount的数目
blockStarts ：用逗号分割的列表, 所有外显子的起始位置，数目也与blockCount数目对应

2)bed和gff之间的关系

前面已经讲过GFF格式，用UCSC Genome Browser可以将两者进行可视化比较。 Bed文件和GFF文件最基本的信息就是染色体或Contig的ID或编号，然后就是DNA的正负链信息，接着就是在染色体上的起始和终止位置数值。
两种文件的区别在于，BED文件中起始坐标为0，结束坐标至少是1；GFF中起始坐标是1而结束坐标至少是1。 参考技术A Bed文件是一种常用的文本格式，用于代表染色体上的特定区域。它通常由三列组成：染色体，起始位置和终止位置，各部分由制表符（tab）分隔。举例来说，1 200 900表示染色体1上从位置200到900的某个特定的区域。因此，可以使用这个文件来查看染色体某处的区域大小是多少，方法是将起始位置和终止位置之间的差值进行计算。 参考技术B bed文件是一种常用的基因组文件格式，它由三列组成，分别是染色体号、起始位置和终止位置。可以通过计算起始位置和终止位置之间的差值来计算区域的大小。bed文件是一种常用的基因组文件格式，它由三列组成，分别是染色体号、起始位置和终止位置。可以通过计算起始位置和终止位置之间的差值来计算区域的大小。 参考技术C Bed文件是用来存储DNA链的一种文本文件格式，您可以使用任何文本编辑器（如记事本、Sublime Text等）打开Bed文件并查看区域大小。Bed文件中的每一行代表一个DNA片段，其中第四列代表区域大小。 参考技术D 开门见山。bed文件是记录基因组位置信息的标准文件格式，同时也用于存储与位置相关的信息，例如在ChIP-Seq 分析中，长以bed文件存储检测信号强度的信息、结构变异检测（SV）结果也可以用bed文件或bedpe文件进行存储。可以说，bed文件格式的应用范围非常广泛。

除了bed文件之外，gtf文件格式和其发展版本gff文件格式，也是常用的记录基因组区间位置的文件格式；GATK 团队针对基因组版本管理的基本需求，规定了interval list 文件格式强绑定bed文件与基因组之间的依赖关系等等。这类文件的基本规则和bed文件非常类似，但应用场景缺相对比较固定。

KEIL上怎么看程序大小?请问高手，我编译好文件后，怎么不能看到编译好文件的大小，比如code= //如------

Build target 'Target 1'
assembling STARTUP.A51...
compiling Text1.c...
linking....
creating hex file from".\output\test"...
".\output\test"- 0 Error(s),0 Warning(s).
该如何设置KEIL才好呢，我的是KEIL UV2

参考技术A 1、升级到UV4，则每次编译完成后，会在最后提示相关信息。
2、在target 的 “user”选项卡中的“Run User Programs After Build/Rebuild”选项里，勾上“Run #1”，并在后面的方框里输入命令“fromelf -z .\rvmdk\hello.axf”。注意：.\rvmdk\hello.axf是你生成的调试文件。具体看你的项目。 参考技术B 都uv4了,你升级下再试下.或者看map文件 参考技术C 编译后，在输出会有提示：Program Size: Code=10828 RO-data=548 RW-data=24 ZI-data=1128 可以看出代码大小。还有通过map文件查看详细的内存映射和文件大小。