seqtk 的安装和使用

Posted 2020-08-31 庐州月光

seqtk 是一款针对fasta/fastq 文件进行处理的小程序，有很多的功能，速度很快，很方便；

源代码：https://github.com/lh3/seqtk

安装：

　　　　git clone https://github.com/lh3/seqtk

　　　　cd seqtk

　　　　make

测试：

　　　　seqtk seq : 用途：

　　　　1）将fastq 文件转换成fasta 文件

　　　　seqtk seq -A input.fastq  > output.fasta

　　　　input.fastq的内容：

@NB001
ATGCACAAAACCCC
+
//////////////

　　　　output.fasta 的内容：

>NB001
ATGCACAAAACCCC

　　　　2）得到反向互补序列

　　　　seqtk seq -Ar input.fastq > output.fasta

output.fasta的内容为：

>NB001
GGGGTTTTGTGCAT

　　　seqtk comp: 得到fastq/fasta 文件的碱基组成

　　　seqtk comp input.fastq > out.txt

　　　out.txt 的内容为：

NB001    14    6    6    1    1    0    0    0    0    0    0    0

　　   第一列为序列的name; 第二列为长度，3-6列代表在该序列中A, C, G ,T 4中碱基的数目

　　   用这个程序可以快速得到每条序列的长度