Picard报错“MAPQ should be 0 for unmapped read”的解决方法
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篇首语：本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理，主要介绍了Picard报错“MAPQ should be 0 for unmapped read”的解决方法相关的知识，希望对你有一定的参考价值。
picard对bwa生成的sam文件进行reorder时，报错如下：
Getting Help Exception in thread "main" htsjdk.samtools. SAM Format Exception: Error parsing text SAM file. MAPQ should be 0 for unmapped read.; File B2.sam; Line 18676 Line: ST-E00126:284:H37TJALXX:8:1101:4158:1872 101
解决办法：在命令行最后再加上 VALIDATION_STRINGENCY=LENIENT
可成功运行
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