混合纠错PBcR--Hybrid error correction and de novo assembly of single-molecule sequencing reads

Posted 2020-08-19 Digital-LI

原文链接：Hybrid error correction and de novo assembly of single-molecule sequencing reads

单分子测序reads（PB）的混合纠错和denovo组装

我们广泛使用的PBcR的原始文章就是这一篇

摘要：

PB技术可以产生极长的reads，可以显著提高基因组和转录组的组装。

然而，单分子测序的reads的error rate非常高，这限制了它们在重测序方面的应用。

为了解决这个问题，我们创造了PBcR这个纠错算法和组装策略：使用短的、高精准度的reads 来校正单分子测序reads中的错误。

我们在PB RS平台证明了这个算法的实用性，从噬菌体、原核、真核；从基因组到转录组。

我们的长reads纠错达到了99.9%的base-call accuracy，从而使得组装的效果比当下的策略更好。

在最好的栗子里，三代的组装结果的contig的N50是二代的组装结果的五倍。

 

前言：

二代技术：454焦磷酸测序，Illumina边合成边测序，低成本，高通量；相较于一代的sanger测序。

二代的明显的缺点：测序之前，源DNA需要扩增，会引入偏差；reads短，导致组装和分析困难。

三代，单分子，实时测序，无偏差，reads长，周期短，有利于denovo的基因组和转录组组装，可以解决复杂的重复，可以跨越基因的整个转录本。

然而，三代只有82.1%~84.6%的准确率，主要由insertion和deletion造成；如此高的错误率会严重影响reads的比对，双序列比对会double错误率，远超过5%~10%的组装软件的承受范围；简单的增加alignment sensitivity是不可行的。

 

文章信息量太大，慢慢读…