haploview出现"invalid affected status"的解决方法

Posted 2020-08-14 橙子牛奶糖

haploview弹出这种错误是因为haploview的缺失值默认为0，而plink文件的缺失值一般用”-9“表示，当ped文件的缺失值为”-9“时，haploview不认得该字符，就弹出错误提示。解决方法为用0替代”-9“。

在linux界面中，用vim命令编辑ped文件后，输入以下字符

:1,$s/-9/0/g

”1“表示从该文件的第一行至最后一行，”/-9/0/“表示将该文件的”-9“字符替换为”0“字符，g表示第一行到最后一行所有的”-9“字符都要进行替换。