运行R 报错R cannot R_TempDir， 继而发现/dev/mapper/VG00-LV01 磁盘空间已满

Posted 2020-08-09 SimbaStar

今天在运行R脚本的时候报了个错：Fatal error: cannot create ‘R_TempDir‘。排除了是自己写的代码的问题，想着应该是某个没见过的原因，google之，发现网上的说法是/tmp文件夹占满了磁盘空间。

运行 df 命令：

Filesystem            Size  Used Avail Use% Mounted on
/dev/mapper/VG00-LV01
                             50G   47G   16M 100% /

发现确实有个分区被占满了。。。

第一次碰到这种情况，继续google之，使用如下命令

du -sh /* | sort -nr

可以得到 / 目录下所有文件和目录的大小的排序结果。

从中找出最大的，在我的机器中/var文件占用了47个G的大小，应该就是它了，使用上面的命令继续追踪：

du -sh /var/* | sort -nr
du -sh /var/log/* | sort -nr
du -sh /var/log/httpd/* | sort -nr

一层一层往下追踪，最后发现是 httpd/目录下的ssl_error_log占据了超大磁盘空间，看了下文件内容，估计是某次链接导致了大量错误信息被一遍遍的循环写入。

不多想，直接把这文件删除。

运行 df -i:

Filesystem              Inodes  IUsed     IFree IUse% Mounted on
/dev/mapper/VG00-LV01
                       3276800 226882   3049918    7% /
tmpfs                  4069835      7   4069828    1% /dev/shm
/dev/md0                 51200     39     51161    1% /boot
/dev/mapper/VG00-LV02
                      56705024  11756  56693268    1% /opt

没有太大使用量，这是因为-i查看inode节点情况，和文件大小是不同概念。

再次运行df -h命令：

Filesystem            Size  Used Avail Use% Mounted on
/dev/mapper/VG00-LV01
                             50G   47G   16M 100% /

仍然还是100%，明明已经删除了啊。。。 不解，继续google之。。

结论是“在Linux中，当我们使用rm在linux上删除了大文件，但是如果有进程打开了这个大文件，却没有关闭这个文件的句柄，那么linux内核还是不会释放这个文件的磁盘空间，最后造成磁盘空间占用100%，整个系统无法正常运行。这种情况下，通过df和du命令查找的磁盘空间，两者是无法匹配的，可能df显示磁盘100%，而du查找目录的磁盘容量占用却很小。”

找出文件使用者，kill掉：

lsof -n | grep deleted

找到使用ssl_error_log文件的进程，kill掉，然后再次df -h，发现已经没有100%的情况了。

处理完成~~