由于macOS 10.12.3和10.12.5上缺少zlib，R无法安装devtools或git2r

Posted 2023-02-24

我想在R（3.3.2）中安装两个软件包：devtools和git2r。它们取决于zlib的存在。它附带macOS Sierra（10.12.3），默认情况下为1.2.8版本。当我尝试安装这些软件包时，我收到以下错误。

我一直在尝试很多东西。

• 通过CRAN在RStudio中直接安装：没有效果。
• 试图在macOS上找到zlib：找不到zlib。
• 通过R CMD INSTALL git2r安装：没有效果。

我注意到有人在GitHub上发布了类似的问题：https://github.com/ropensci/git2r/issues。还没有解决方案。

这里有人有想法吗？

谢谢！

桑德

错误信息如下

配置“/private/tmp/RtmpP6HZFx/R.INSTALLe73412909267/git2r”中的错误

配置错误

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找不到构建git2r所需的zlib库。

请安装：

zlib1g-dev（例如Debian和Ubuntu上的软件包）

zlib-devel（例如Fedora，CentOS和RHEL上的软件包）

然后再试一次。

如果系统上安装了zlib库但git2r配置无法找到它，则可以使用以下命令指定zlib的include和lib路径：

“R CMD INSTALL --configure-args =' - with-zlib-include = INCLUDE_PATH --with-zlib-lib = LIB_PATH'git2r”

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有关详细信息，请参阅“config.log”

错误：包“git2r”的配置失败

*删除“/usr/local/lib/R/3.3/site-library/git2r”

更新：同样的问题在macOS X 10.12.5与R 3.4.0结合时仍然存在 - 后者我需要DESeq2。

答案

解决方案...嗯。并不是的。我只是卸载了R和所有软件包，而不是我重新安装了一切。我按照R的说明通过RStudio安装了homebrew和https://rud.is/b/2015/10/22/installing-r-on-os-x-100-homebrew-edition/。

奇怪的是：所有问题都消失了。

更新＃1：此解决方案显然不适用于组合R 3.4.0和macOS X 10.12.5。我们需要针对此问题的解决方案。

更新＃2：我发现了我认为的问题：xcode命令行工具的错误路径。

sudo xcode-select --reset做了这个伎俩，现在xcode-select -p指向/Library/Developer/CommandLineTools。而which xcode-select指向/usr/bin/xcode-select。谷歌搜索我发现不需要通过App Store安装Xcode，因为它在http://railsapps.github.io/xcode-command-line-tools.html上声明：

“在早期版本的macOS上，安装Xcode Command Line Tools更加困难。它需要从Mac App Store大量下载完整的Xcode软件包，或者作为Apple开发人员注册一个较小的Command Line Tools软件包.Mac OS X小牛队使Xcode Command Line Tools的安装变得更加简单。“

另一答案

我遇到了同样的问题。我有一张纸条8（三星）。只需去GitHub并从那里安装zlib。