conda build R软件包由于C编译器而失败

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篇首语:本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理,主要介绍了conda build R软件包由于C编译器而失败相关的知识,希望对你有一定的参考价值。

我正在尝试使用rcdd安装一个名为conda build的R软件包,并且C编译器存在问题。请注意,此问题看起来与Conda build R package fails at C compiler issue on MacOS Mojave但是,由于(i)该问题仍未得到解答,并且(ii)这与其他软件包有关,我认为这不是重复的问题。

我正在使用MacOS Mojave,conda 4.6.8。在具有r-baser-essentials的新conda环境中安装,我尝试

conda install conda-build
conda skeleton cran --recursive rcdd
conda build r-rcdd

并得到以下错误

* installing *source* package ‘rcdd’ ...
** package ‘rcdd’ successfully unpacked and MD5 sums checked
checking for gcc... x86_64-apple-darwin13.4.0-clang
checking whether the C compiler works... no
configure: error: in `/Users/pjethwa/miniconda3/envs/r_env/conda-bld/r-rcdd_1553173041138/work':
configure: error: C compiler cannot create executables
See `config.log' for more details
ERROR: configuration failed for package ‘rcdd’

config.log文件包含相同的错误消息。当我尝试直接从R进行安装时(即使用install.packages('rcdd')),也会出现相同的错误。但是,我可以使用conda尚未安装的R版本安装此软件包。此解决方案并不令人满意,因为我想使用rpy2来连接python和R,这似乎要求conda安装R(例如,参见Getting Segmentation fault Core dumped error while importing robjects from rpy2我的clang / gcc版本是:

(r_env) myusername:~ clang --version clang version 4.0.1 (tags/RELEASE_401/final) Target: x86_64-apple-darwin18.2.0 Thread model: posix InstalledDir: /Users/myusername/miniconda3/envs/r_env/bin (r_env) myusername:~ gcc --version Configured with: --prefix=/Library/Developer/CommandLineTools/usr --with-gxx-include-dir=/usr/include/c++/4.2.1 Apple LLVM version 10.0.0 (clang-1000.10.44.4) Target: x86_64-apple-darwin18.2.0 Thread model: posix InstalledDir: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin

我正在尝试使用conda build安装名为rcdd的R软件包,并且C编译器存在问题。请注意,此问题看起来非常类似于Conda build R包在C编译器处失败...
答案
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以上是关于conda build R软件包由于C编译器而失败的主要内容,如果未能解决你的问题,请参考以下文章

使用 conda build 制作编译包

`conda build gcc-5` 在 Mac OS Mojave 上失败

使用 Conda Build 时导入测试失败

Conda Build 打包 C++ 项目失败

由于找不到依赖项而导致编译Scala程序失败

如何在Conda中安装R库