R代码可检测多个患者随时间变化的变量

Posted 2023-02-20

我有一个数据集，每位患者有多行，其中每一行代表4个月中的1周时间。有一个变量grade可以取1，2或3的值，我想检测单个患者的等级何时增加（1到2、1到3或2到3 ）在任何时候（结果将是一个是/否变量）。我可以编写一个函数来做到这一点，但我敢打赌，我可以做一些巧妙的函数编程来利用现有的R函数。这是下面的示例数据集。谢谢！

df=data.frame(patient=c(1,1,1,2,2,3,3,3,3),period=c(1,2,3,1,3,1,3,4,5),grade=c(1,1,1,2,3,1,1,2,3))

我想要的是以下结果的数据帧：

data.frame(patient=c(1,2,3),grade.increase=c(0,1,1))

答案

library(dplyr)

df %>%
  arrange(patient, period) %>%
  mutate(grade.increase = case_when(grade > lag(grade) ~ TRUE,TRUE ~ FALSE)) %>%
  group_by(patient) %>%
  summarise(grade.increase = max(grade.increase))

将检查前一个值的lag与case_when结合使用，我们可以识别每个等级。增加。

总结每位患者的最大成绩增加，因为布尔计算将FALSE视为0，将TRUE视为1，因此获得了所需的结果。