错误：找不到/ usr / bin / python3的Python环境

Question

我正在尝试使用R中的reticulate()包来运行某些Python包。

我运行以下内容：

library(reticulate)
py_install("pandas")

我收到此错误：

错误：找不到/ usr / bin / python3的Python环境

正在运行py_config()给出：

python:         /usr/bin/python3
libpython:      /usr/lib/python3.6/config-3.6m-x86_64-linux-gnu/libpython3.6.so
pythonhome:     //usr://usr
version:        3.6.9 (default, Nov  7 2019, 10:44:02)  [GCC 8.3.0]
numpy:          /home/user/.local/lib/python3.6/site-packages/numpy
numpy_version:  1.18.1
tensorflow:     /home/user/.local/lib/python3.6/site-packages/tensorflow

python versions found: 
 /home/user/.virtualenvs/r-reticulate/bin/python
 /usr/bin/python3
 /usr/bin/python
 /home/user/anaconda3/bin/python
 /home/user/env/bin/python
 /home/user/miniconda3/bin/python

[当我导航到/usr/bin/时，有一个名为python3.7的文件，有一个名为python3的文件夹，但是当我尝试打开它时，出现以下错误Directory /usr/bin/python3.6: no such file or directory。我无法打开或访问python3目录中的/usr/bin/文件夹（或任何文件夹）。

我也跑步

use_python("/home/user/miniconda3/lib/python3.7/") 
py_install("pandas")

这给了我同样的错误。

我正在运行安装了RStudio的AWS Ubuntu实例。

EDIT现在重新安装reticulate并运行py_install("pandas")会得到：

Using virtual environment '~/.virtualenvs/r-reticulate' ...
/home/user/.virtualenvs/r-reticulate/bin/python: No module named pip
Error in strsplit(output, "\\s+")[[1]] : subscript out of bounds
In addition: Warning message:
In system2(python, c("-m", "pip", "--version"), stdout = TRUE) :
  running command ''/home/user/.virtualenvs/r-reticulate/bin/python' -m pip --version'

具有状态1

编辑2

当我在终端中运行pip --version时，我会得到pip 19.3.1 from /home/user/miniconda3/lib/python3.7/site-packages/pip (python 3.7)

然后我再次在RStudio中运行py_config()并获得以下输出：

python:         /home/user/.local/share/r-miniconda/envs/r-reticulate/bin/python
libpython:      /home/user/.local/share/r-miniconda/envs/r-reticulate/lib/libpython3.6m.so
pythonhome:     /home/user/.local/share/r-miniconda/envs/r-reticulate:/home/user/.local/share/r-miniconda/envs/r-reticulate
version:        3.6.10 |Anaconda, Inc.| (default, Jan  7 2020, 21:14:29)  [GCC 7.3.0]
numpy:          /home/user/.local/lib/python3.6/site-packages/numpy
numpy_version:  1.18.1

我使用install_miniconda()安装了minicode，然后设置了以下路径：

use_python("/home/user/.virtualenvs/r-reticulate/bin/python/")
use_virtualenv("/home/user/.virtualenvs/r-reticulate/bin/python")
use_miniconda("/home/user/.local/share/r-miniconda/")

我跑步时：

py_install("pandas")
py_install("numpy")

我没有收到警告，没有安装软件包。自从我跑步时，我还是有点卡住：

devtools::install_github("ModelOriented/shapper")
shapper::install_shap()

我得到：

错误：.onLoad在'shapper'的loadNamespace（）中失败，详细信息：调用：py_module_import（模块，转换=转换）错误：ModuleNotFoundError：没有名为“ shap”的模块