haploview出现“more than two alleles”的解决方法
Posted 橙子牛奶糖
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篇首语：本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理，主要介绍了haploview出现“more than two alleles”的解决方法相关的知识，希望对你有一定的参考价值。
弹出“more than two alleles”的错误是因为ped文件中存在超过两个等位基因在一个SNP位点上，haploview连锁分析时默认为只有两个等位基因的，因此我们要去掉超过两位等位基因的SNP才能做连锁分析。
用到命令：--min-alleles 2 --max-alleles 2
具体如下 ：
software/vcftools-vcftools-490848f/src/cpp/vcftools --vcf /to/your/pathway/your.vcf --min-alleles 2 --max-alleles 2 --plink-tped --out /to/your/pathway/file
“file”是指你想保存的文件命名。
以上是关于haploview出现“more than two alleles”的解决方法的主要内容，如果未能解决你的问题，请参考以下文章