用R脚本打开文件夹，然后识别一个文件，重命名它，并读取它。

Posted 2021-03-19

我最近学会了用R编码，我算是处理了文件中的数据，但我无法让它操作文件本身。我的问题是这样的。

我想在我的工作目录下连续打开以下文件： "Laurent/R"，其中的3个文件夹("gene_1", "gene_2", "gene_3").

在每个文件夹中，我想把一个特定的.csv文件（包含特定单词 "Cq "的文件）重命名为 "gene_x_Cq"（然后把这3个重命名的文件移到一个新的文件夹中（有必要吗？））。

我希望能够先后打开这3个.csv文件（我想是用read.csv）来处理其中的数据。我看过不同的函数，如 list.file, unlist, file.rename 但我确信它们是适当的，我不能找出如何在我的情况下使用它们。(我使用的是Mac)ThanksLaurent

答案

这里有一个潜在的解决方案。如果有不懂的地方，就喊出来问吧!

setwd("Your own file path/Laurent")
library(stringr)

# list all .csv files
csvfiles <- list.files(recursive = T, pattern = "\\.csv")
csvfiles

# Pick out files that have cq in them, ensuring that you ignore uppercase/lowercase
cq.files <- csvfiles[str_detect(csvfiles, fixed("cq", ignore_case = T))]

# Get gene number for both files - using "2" here because gene folder is at the second level in the file path
gene.nb <- str_sub(word(cq.files, 2, 2, sep = "/"), 6, 6)
gene.nb

# create a new folder to place new files into
dir.create("R/genefiles")

# This will copy files, not move them. To move them, use file.rename - but be careful, I'd try file.copy first.
cq.files <- file.copy(cq.files,
                        paste0("R/genefiles/gene_", gene.nb, "_", "Cq", ".csv"))

# Now to work with all files in the new folder
library(purrr)
genefiles <- list.files("R/genefiles", full.names = T)

# This will bring in all data into one dataframe. If you want them brought in as separate dataframes,
# use something like gene1 <- read.csv("R/genefiles/gene_1_Cq.csv")
files <- map_dfr(genefiles, read.csv)