SSPACE:一款专门做scaffolding的软件

Posted 2021-05-07 BPSO_Mynotes

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篇首语：本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理，主要介绍了SSPACE:一款专门做scaffolding的软件相关的知识，希望对你有一定的参考价值。

在做基因组拼接的时候，有时候已经获得了一堆contig或者scaffold，然后需要利用另外的一个pair-end或者mate-pair文库进一步做scaffolding的话。用什么软件好呢？

最近使用了一款SSPACE貌似不错，这款软件可以利用Pair-End（PE）和Mate-Pair（MP）的二代数据将已有的contig或者scaffold连接成更大的scaffold。同时这个软件还能够利用PE或者MP的数据对已有的contig或者scaffold进行延伸（或者填补部分的gap）。

参考来源

https://www.plob.org/article/322.html

以上是关于SSPACE:一款专门做scaffolding的软件的主要内容，如果未能解决你的问题，请参考以下文章