interval的排序，合并，取样等功能

Posted 2022-12-04 yuwq

内容转自：https://software.broadinstitute.org/gatk/documentation/tooldocs/4.0.1.1/picard_util_IntervalListTools.php
gatk IntervalListTools中合并的picard IntervalListTools的多个操作interval的功能。

1.合并两个interval lists

java -jar picard.jar IntervalListTools       ACTION=CONCAT       I=input.interval_list       I=input_2.interval_list       O=new.interval_list

2. 合并两个interval lists，排序并合并重叠区域

java -jar picard.jar IntervalListTools        ACTION=CONCAT        SORT=true        UNIQUE=true        I=input.interval_list        I=input_2.interval_list        O=new.interval_list 

3.从INPUT中提取另外一个INPUT的序列

shell java -jar picard.jar IntervalListTools \ ACTION=SUBTRACT \ I=input.interval_list \ SI=input_2.interval_list \ O=new.interval_list ### 4.查找input1.interval_list或input2.interval_list，和在input3.interval_list中的碱基：shell
java -jar picard.jar IntervalListTools ACTION=INTERSECT I=input1.interval_list I=input2.interval_list SI=input3.interval_list O=new.interval_list
```