使用DBG2OLC对二三代数据进行基因组混装

Posted 2022-10-05 bio-mary

使用DBG2OLC软件利用二代和三代数据混合的基因组组装：

使用DBG2OLC找Contigs序列和Pacbio reads的Overlap并进行Layout

DBG2OLC通过比较contigs和Pacbio reads之间的overlap，将contigs序列定位到Pacbio reads上，将DBG的contigs结果运用到OLC算法中。

 

主要参数：
LD 
  是否载入compressed reads information。第一次运行DBG2OLC命令的时候，该参数的值必须是0；若为了得到更好的结果，则需要调整其它参数；调整这些参数的时候，设置该参数为1来跳过这个步骤，从而节约很多时间。
k 
  设置k-mer大小。k-mer用来比较contig和pacbio read之间的重叠，而不是用于基因组组装，推荐设置为 17 即可。

KmerCovTh 
  若contig和pacbio read之间匹配k-mers的覆盖度 < KmerCovTh，则认为contig和pacbio read没有重叠。推荐设置为2-10。

MinOverlap 
两条Pacbio read之间匹配的k-mers数目 < MinOverlap，则认为它们之间没有重叠。推荐设置为10-150。 

AdaptiveTh 
  若contig和pacbio read之间匹配的k-mers数目 < AdaptiveTh * contig长度，则认为contig和pacbio read没有重叠。推荐设置为0.001-0.02。

RemoveChimera 去除嵌合体Pacbio reads。若Pacbio数据覆盖度大于10x，推荐设置该参数为 1 。

参考来源：
http://www.chenlianfu.com/?p=2436