将fasta fastq文件线性化处理
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将fasta文件线性化处理
awk ‘/^>/ printf("%s%s\t",(N>0?"\n":""),$0);N++;next; printf("%s",$0); END printf("\n");‘ < input.fa cat Rmh.fasta | awk ‘printf("%s%s",$0,((NR+1)%2==1?"\n":"\t"));‘ | less -S curl -s "ftp://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete/uniprot_sprot.fasta.gz" | gunzip -c | awk ‘/^>/ printf("%s%s\t",(N>0?"\n":""),$0);N++;next; printf("%s",$0); END printf("\n");‘ | less -S cat input.fasta | paste - - | less -S
将fastq文件线性化处理
cat Rmh.fastq | awk ‘printf("%s%s",$0,((NR+1)%4==1?"\n":"\t"));‘ | less -S cat input.fastq | paste - - - - | less -S
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