[R] 保存pheatmap图片对象到文件

Posted 2022-07-16 jessepeng

一般我们使用pheatmap通过Rstudio交互得到的图片在plots的Export导出即可，如何保存对象到文件呢？这个需求在自动化流程中很常见，作者似乎也没说明。

生成示例数据：

test = matrix(rnorm(200), 20, 10)
test[1:10, seq(1, 10, 2)] = test[1:10, seq(1, 10, 2)] + 3
test[11:20, seq(2, 10, 2)] = test[11:20, seq(2, 10, 2)] + 2
test[15:20, seq(2, 10, 2)] = test[15:20, seq(2, 10, 2)] + 4
colnames(test) = paste("Test", 1:10, sep = "")
rownames(test) = paste("Gene", 1:20, sep = "")

看下数据亚子：

实现方法

接下来实现方法，分为两步：
1.保存对象

library(pheatmap)
xx <- pheatmap(test)

2. 打开图形设备重新画
这个包使用的是grid图形系统而非ggplot2，所以解决方法也是不同的。通过自定义函数来生成，也可一次绘制多个对象的图形。

save_pheatmap_pdf <- function(x, filename, width=7, height=7) 
   stopifnot(!missing(x))
   stopifnot(!missing(filename))
   pdf(filename, width=width, height=height)
   grid::grid.newpage()
   grid::grid.draw(x$gtable)
   dev.off()


save_pheatmap_pdf(xx, "test.pdf")

Ref: https://stackoverflow.com/questions/43051525/how-to-draw-pheatmap-plot-to-screen-and-also-save-to-file