R镜像源的切换

Posted 2021-12-18 raisok

如果是默认的R安装一般会很慢

install.packages(pkgs, lib, repos = getOption("repos"),
contriburl = contrib.url(repos, type),
method, available = NULL, destdir = NULL,
dependencies = NA, type = getOption("pkgType"),
configure.args = getOption("configure.args"),
configure.vars = getOption("configure.vars"),
clean = FALSE, Ncpus = getOption("Ncpus", 1L),
verbose = getOption("verbose"),
libs_only = FALSE, INSTALL_opts, quiet = FALSE,
keep_outputs = FALSE, ...)
install.packages("ABC",repos="http://mirror.bjtu.edu.cn/ "),换成北大的镜像或者清华镜像应该都会很快
如果想永久设置，就用options修改即可。

bioconductor其实也是有镜像的

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
biocLite("RGalaxy")##这样就用中科大的镜像来下载包啦
## bioconductor还有很多其它镜像：https://www.bioconductor.org/about/mirrors/
##https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/utils/html/chooseBioCmirror.html
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))

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1.调用chooseCRANmirror函数：
> chooseCRANmirror()
R会显示CRAN镜像的列表。
2.从列表中选择镜像并点击确定。
3.通过查看repos选项的第一个元素来获取所选镜像的URL地址：
> options("repos")[[1]][1]
4.将下面的命令添加至.Rprofile 文件中：
options(repos="URL")
其中的URL就是镜像的URL。
讨论
在每次安装R包的过程中都会使用相同的CRAN镜像（即离本地最近的镜像地址）。你可能对于R重复地询问选择镜像感到厌烦。按照上述方法所给出的解决方案进行操作，便设定了默认的镜像，R每次就不再询问了。
repos选项是默认镜像的名称。使用chooseCRANmirror函数选择镜像时会有一个重要的副作用，即按照选择来设定repos选项。问题是当R退出时，R不会保存选择的镜像为默认镜像。通过在.Rprofile中对repos进行设定，R在启动时会自动恢复你的设定。