MS-data

Posted 2021-12-15 zll-52011

1.从美国矿物数据库下载矿物CIF（有晶格）

2.晶胞CIF导入MS

3.选择display style中的ball and stick视图

4.加键add bonds,看看有没有错。此步骤前根据需要是否补H

5.手动指定每个原子力场类型

edit-atom selection-比如选好H（先选不用区分类型的元素）

edit-edit sets-new(定义一个集）

View-Explorers-Properties Explorer-Filter选atom-改Forcefield Type(先点击那个原子集）

其他元素一样，对于要区分类型的，如O，自己判断ob与oh(与H连）,atom selection时一个个按ctrl选择好，再edit sets.

     

6.所有键加好，原子类型定义好后，扩胞

Build-symmetry-supercell

7.这里MS的优化模块，无论时GULP还是Forcite模块力场经过我不懈的努力还是没法用，我们直接导出文件

File- Export-选择car.cor格式（会导出两个文件）

8.在服务器账号里创建一个文件夹kao（文件夹名称一定要和你导出来的两个文件名字一样，区分大小写），将kao.car和kao.cor放进去

9.将我在北京培训的资料包里的frc_files放在kao文件夹同一个目录

10.编译msi2lmp.exe（先找到这个文件夹放在服务器你账号下就不用写一堆路径了）

cd LAMMPS分子动力学模拟技术与应用-焦豹-20190322~24北京-备用资料\\备用材料\\lammps-12Dec18\\tools\\msi2lmp\\src

make

即可生成msi2lmp.exe工具

11.进入工作目录kao

cd kao/

/home/zhangll/LAMMPS分子动力学模拟技术与应用-焦豹-20190322~24北京-备用资料\\备用材料\\lammps-12Dec18\\tools\\msi2lmp\\src//msi2lmp.exe kao -class I -frc clayff -i -ignore > out.log

 

(因为还没有设置环境变量，所以只能用绝对路径调用msi2lmp.exe命令

生成后kao文件夹会有data生成，可检查一下data力场对不对，不对的话检查一下frc_files里面的clayff.frc参数准不准。

12.生成的data是没有电荷信息的，根据我们之前在VMD测试的charge.tcl方法，得到每种元素电荷后，在in文件中设置。