python学习——读取染色体长度（七：读取fasta文件）

Posted 2021-11-03 caicai2019

读取fasta文件genome_test.fa，并计算染色体总长，同时输出最长染色体编号、序列以及长度

fasta文件genom_test.fa的内容如下：

>chr1
ATATATATAT
>chr2
ATATATATATCGCGCGCGCG
>chr3
ATATATATATCGCGCGCGCGATATATATAT
>chr4
ATATATATATCGCGCGCGCGATATATATATCGCGCGCGCG
>chr5
ATATATATATCGCGCGCGCGATATATATATCGCGCGCGCGATATATATAT

python脚本

 1 #传递命令行参数
 2 import sys # 导入模块
 3 
 4 # 从命令行获取文件名称
 5 f_fasta = sys.argv[1]
 6 
 7 # 打开文件 open(‘文件路径‘)
 8 f = open(f_fasta)
 9 
10 # 逐行读取
11 total_len = 0
12 max_chr = ‘‘
13 max_seq = ‘‘
14 max_len = 0
15 # 求总长并输出最长染色体编号、序列以及长度
16 lines = f.readlines() # 是一个列表
17 for line in lines:
18     #去掉行尾的换行符
19     line = line.strip()
20     if (line.startswith(">")):
21         chr = line
22     else:
23         chr_len = len(line)
24         chr_seq = line
25         max_chr = chr
26         max_seq = chr_seq
27         max_len = chr_len
28         total_len += len(line)
29 
30 # 输出结果
31 print("total_len = " + str(total_len))    
32 print("max_chr = " + max_chr)
33 print("max_seq = " + max_seq)
34 print("max_len = " + str(max_len))

cmd命令行输入

E:\15_python\DEBUG>python fasta_stat6.py genome_test.fa