常见问题，解惑，总结

Posted 2020-07-26

p-reads是啥？校正之后的reads

杂合度对基因组组装的影响？Aa就是杂合，一般植物测序的材料都会处理为纯合，因此我们可以认为同源染色体是完全相同的序列，默认我们还认为姐妹染色单体之间的序列是一致的。这样我们测序得到的就是一个整套的单倍体。动物和人的基因组组装就会显得十分复杂，因为无法弄到纯合，不好组装。

 

重复序列对基因组组装有什么影响？基因组组装需要克服的最大困难就是重复序列的问题，重复序列引进了前所未有的复杂度，在二代测序下，重复序列被切成极短的reads，在比对时会出现各种复杂的情形。所以三代测序希望增加reads长度，试图覆盖一些较短的重复序列，减少复杂度。

不同长度的文库在测序过程中是如何利用的？它们是单独测序，单独处理的，不可能混在一起处理，有的软件可以分类型导入不同的文库，分别处理。