蛋白质序列位置特异性矩阵(PSSM)的获取的准备工作：fasta序列的处理

Posted 2020-11-27 cong3z

由于获取位置特异性矩阵需要使用psiblast -db swissprot -query 0.txt -evalue 0.001 -num_iterations 3 -out_ascii_pssm 0.pssm命令获取，然而该命令只对一个序列比对，如果把大量蛋白质序列输入，其结果会不断更新，最后得到最后那个序列的位置特异性矩阵，所以，需要对于蛋白质序列进行分割成多个文件

代码如下：（这里每个人蛋白质序列所用的长度不同，可根据情况进行调整）

i = 0
fw = open(‘/blast-2.10.0+/bin/0.txt‘, ‘w‘)
for line in open(‘/blast-2.10.0+/bin/1.fa‘, ‘r‘):
    fw.write(line)
    i += 1
    if i % 2 == 0:
        fw.close()
        fw = open(str(i) + ‘.txt‘, ‘w‘)
fw.close()