转录因子预测-oPOSSUM 3.0的使用教程

Posted 2020-11-24 yanjiamin

oPOSSUM 3.0的介绍

oPOSSUM是一个网页工具，用来检测检测基因或序列中over-presented的保守转录因子结合位点和结合位点组合。

网址：http://opossum.cisreg.ca/oPOSSUM3/

oPOSSUM3.0的使用

 

 这里由于我们使用的是RNA-seq中差异分析的mRNA,所以这里选择Single-Site Analysis (SSA) 中的Human。

 

 oPOSSUM的分析过程一共分为4步：

1.输入你要分析的gene set

输入的gene set支持的格式如下：

• Ensembl Gene ID
• EntrezGene ID
• RefSeq DNA/Protein ID
• EMBL (GenBank) ID
• Protein (GenBank) ID
• Uniprot/TrEMBL Acc.
• Uniprot/SwissProt Acc.
• Unigene ID

一般输入我们常用的Ensembl Gene ID或者gene symbol即可

2.输入背景基因，这里一般选择默认即可

3.选择转录因子结合位点的profiles,这里选择默认即可

4.选择转录因子结合位点的筛选参数

这里一般选择默认即可

选择完之后直接submit,然后等待大约10分钟就可以得到结果，结果如下：

 

 最后得到的文件用Z-score>=10并且Fisher score >=7来筛选。