Pysam 处理bam文件

Posted 2020-11-24 zhanmaomao

Pysam可用来处理bam文件

安装：

用 pip 或者 conda即可

 

使用：

Pysam的函数有很多，主要的读取函数有：

• AlignmentFile：读取BAM/CRAM/SAM文件

• VariantFile：读取变异数据（VCF或者BCF）

• TabixFile：读取由tabix索引的文件；

• FastaFile：读取fasta序列文件；

• FastqFile：读取fastq测序序列文件

一般常用的是第一个和第二个。

 

例子：

import pysam

bf = pysam.AlignmentFile("in.bam","rb");  其中r = read， b：binary.  二进制文件。   bam文件index

bf是一个迭代器，可以next（）或者for读取

for i in bf:

    print i.reference_name,i.pos,i.mapq,i.isize

结果：

ctg000331_np121 144935 27 -284
ctg000331_np121 144940 48 291
ctg000331_np121 144941 48 309
ctg000331_np121 144944 48 255
ctg000331_np121 144946 27 -370
ctg000331_np121 144947 27 -346

• i.reference_name代表read比对到的参考序列染色体id；

• i.pos代表read比对的位置；

• i.mapq代表read的比对质量值；

• i.isize代表PE read直接的插入片段长度，有时也称Fragment长度；

 

一些功能：

• check_index() 

          检测index文件是否存在存在即为true

• close（）

          用完记得关闭

• count(self，contig=None, start=None, stop=None, region=None, until_eof=False, read_callback=‘nofilter‘, reference=None，end=None)

             计算目标区域内比对上的reads数目

           bf.count(contig="ctg000331_np121", start=1, stop=6000)
           24

• count_coverage(self, contig=None, start=None, stop=None, region=None, quality_threshold=15, read_callback=‘all‘, reference=None, end=None)

         计算目标区域内的覆盖度。返回1个4维的array，代表ACGT的覆盖度，而每个维度的array长度为100，里面的数字代表该碱基在各个位置上的覆盖度。

       bf.count_coverage(contig="ctg000331_np121",start=1,stop=100)

• fetch(self, contig=None, start=None, stop=None, region=None, tid=None, until_eof=False, multiple_iterators=False, reference=None, end=None)

          提取出比对到目标区域内的全部reads。返回的是一个迭代器，可以通过for循环或者next函数从中取出reads，我们使用next()函数取出第一条reads，reads是用         AlignedSegment对象表示，可以通过该对象的内置方法再对这条reads进行一些查询操作。

          allreads=bf.fetch(contig="ctg000331_np121",start=1,stop=10000)

　　　是一个迭代器，可以用for循环获得

• get_index_statistics(self)
  通过index统计该BAM文件中在各个染色体上mapped/unmapped的reads个数。

bf.get_index_statistics()