重复序列注释

Posted 2020-11-23 bio-mary

 

RepeatModeler：RepeatModeler可用来从头对基因组的重复序列家族进行建模注释，它的核心组件是RECON和RepatScout。

 

LTR_FINDER：LTR_Finder is an efficient program for finding full-length LTR retrotranspsons in genome sequences.

https://github.com/xzhub/LTR_Finder

 

tRNA 

 

Trf（Tandem Repeats Finder）： A tandem repeat in DNA is two or more adjacent, approximate copies of a pattern of nucleotides.

http://tandem.bu.edu/trf/trf.html

 

RepeatMasker： 是一款Library-based，通过相似性比对来识别重复序列，可以屏蔽序列中转座子重复序列和低复杂度序列（默认将其替换成N），几乎用于所有物种，是做基因组、非编码RNA的必备软件。在人类基因组分析当中，大约 56% 的序列会被mask 

 

ProteinMask ： 

 

参考来源：

https://www.jianshu.com/p/52621fc935bb

https://www.jianshu.com/p/542c78a8ee0a