结合自己做过的数据，对cosmic signature理解

Posted 2020-11-22 zypiner

分析WGS的mutation时，我用pyclone将mutations聚成了四类。我试图解释每一类的含义，比如：致病的变异、耐药的变异、治疗敏感的变异....

 

cosmic signature呢，每个样本都有96个signature的信息，假设有10000个样本。用NMF或PCA将这些聚成了30类，即30个signatue。

 

然后，寻找每个signature与什么表型有关系。比如：已知aging的signatue是什么样子的，看看这30个signature中哪一个与aging的signature像。则，找到的那一个就是aging的signatue。

 

R包  destructSig。