安装cytoscape时的折腾

Posted 2020-11-22 zypiner

 

问题：

安装cytoscape时，提示：

error信息：

No suitable Java Virtual Machine could be found on your system.
The version of the JVM must be at least 1.8.0_152 and at most 9.
Please define INSTALL4J_JAVA_HOME to point to a suitable JVM.

下面是解决方法。

 

成功的解决方法：

1.下载jre包。

　　网址：https://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jre8-downloads-2133155.html。从cytoscape的页面即可进入。

　　下载linux x86的.tar.gz后缀的包。

2.设置变量：

　　export JAVA_HOME=/home/yuzh/jre1.8.0_231

　　export PATH=$JAVA_HOME/bin:$PATH

3.运行安装命令：

　　./Cytoscape_3_7_2_unix.sh

解决过程

错误经验：分析问题，比着急解决问题重要；问题还要从根源上解决，把每一步都搞懂。

1.始终不肯承认是自己的java版本低。给自己的理由：官网说java8，我的是java8，应该是可以的。=》导致我不尝试提高jre版本的方法。（内心根源：重装jre太费劲了。之前安装时有过安装费劲的经历）

2.安装时，提示：JVM需要1.8.0_152 。而我的JVM是1.8.0_51。我继续无视这个提示，把提示的第一和第三条放到网上搜索。尝试了网上提供的各种方法。

3.然后，我开始从头执行“./linux.sh”进行安装检测。仍然提示JAVA_HOME和PATH无法设置的问题。 =》我开始搜索如何设置这两个变量 =》那么，我得先知道JAVA的路径是什么，然后再去设置。=》由此，我学到了查找JAVA安装路径的方法。

==  在此之前，我一直以为是我的JAVA_HOME与HOME设置错误导致的问题。

4.此时，我开始想是不是我的JVM版本低的缘故。=》 我重新回到cytoscape页面，找到JAVA8的下载链接，下载jdk8.tar.gz版本。=》我发现，下载jdk的源码包（即.tar.gz文件）后，直接将JAVA_HOME的路径设置为该包解压缩后的路径即可。再按照查找到的设置PATH的方法：export PATH=$JAVA_HOME/bin:$PATH即可。

5.安装Cytoscape成功。

延伸技能

1.安装rpm包、.tar.gz包的区别：

以jre-8为例（下载地址：https://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jre8-downloads-2133155.html）。

• rpm包，需要用rpm命令进行安装。安装到/usr等目录下。
• .tar.gz包，是源码包。不需要安装。解压缩文件夹内的bin下面有可以直接执行的命令文件，类似windows下面的可执行文件。

2.查找Java安装路径的方法

执行命令如下：

[yuzh@WS01 cytoscape]ls -lrt /usr/bin/java 
lrwxrwxrwx. 1 root root 22 12月 6 2017 /usr/bin/java -> /etc/alternatives/java
[yuzh@WS01 cytoscape]$ ls -lrt /etc/alternatives/java 
lrwxrwxrwx. 1 root root 72 12月 6 2017 /etc/alternatives/java -> /usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.51-1.b16.el7_1.x86_64/jre/bin/java
[yuzh@WS01 cytoscape]$ export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.51-1.b16.el7_1.x86_64/jre

 参考文献：https://blog.csdn.net/u013991521/article/details/78292136

3.linux各目录的含义

　　参照另一篇博文：https://www.cnblogs.com/zypiner/p/11910171.html

4.安装JDK，设置JAVA_HOME的方法

　　参考：https://docs.oracle.com/cd/E19182-01/821-0917/inst_jdk_javahome_t/index.html