单细胞小提琴图+箱型图

Posted 2023-05-04

参考技术A

做单细胞数据分析的时候，我们经常会用小提琴图来展示一些marker在不同细胞亚群中的表达情况。R的 Seurat 包中就有一个函数叫 VlnPlot ，专门用来画小提琴图的。

我们来看看这个函数的参数和使用方法

我们用 Seurat单细胞绘图函数DimHeatmap 中的数据来举个例子。

我们看CD3E这个基因在不同细胞亚群中的表达情况，先用默认参数看看效果

默认情况下，会同时画出小提琴图和散点图，还有右侧的图注。

如果不想要右侧的图注，可以使用 NoLegend()

如果散点图也不想要，这个时候我们就要去研究一下 VlnPlot 这个函数的参数了，

我们发现pt.size是控制点大小的，因此我们可以把点的大小设置成0试试

看样子是work的

可能有些人想同时把箱型图也画出来，这样能看出各个分位数以及中值的情况。其实也很容易， VlnPlot 这个函数实际上是基于ggplot写的，所以可以通过 geom_boxplot() 来添加箱型图

效果如下

箱体的宽度和颜色有点奇怪，接下来我们来微调一下

大功告成

参考下文获取 scRNA.rds 文件

单细胞小提琴图+箱型图​

Tableau 图表大全21之箱型图(盒须图)

文章目录

• ​​箱型图样式​​
• ​​构建箱形图​​
• ​​GIF演示​​

箱型图样式

箱形图，也称为箱须图，用于显示沿轴的分布。它通常分别在列和行上有一个维度和一个度量。尽管 Tableau 中的"显示我"功能只需单击一下即可创建箱形图，但我将在这篇博客文章中演示如何手动制作。

数据集：​​示例超市数据集​​

构建箱形图

打开"超市"数据集

"将"类别移动到列"和"将销售额更改为行
"更改标记"卡，将"拖动区域"环到
“详细信息”
"单击"分析"选项卡。"箱形图"选项现在应该可用。单击并将其拖动到画布上，将其放在单元格

上 框图 窗口将弹出如下：

根据需要设置边框，胡须和颜色的格式。我还减少了圆圈的不透明度，以便更清楚地看到箱形图。

您现在应该有一个如下所示的箱形图：

GIF演示