二代下机文件在Integrative Genomics Viewer中实现reads可视化的流程

Posted 2023-05-04

参考技术A 完成STR的靶向测序后，如何确定目的片段是否被扩增，是否真正被测序？可以使用IGV实现测序下机文件的可视化来验证。

运行环境：macOS 12

工具：conda，bwa，Samtools，IGV Software

文件：参考序列fa，下机文件fq

操作流程：

1. 给参考序列建索引：工具 bwa，语句：bwa index xxx.fa

例：给21号染色体参考序列建立索引：

语句： bwa index chr21.fa

完成该语句后，产生5个索引文件：chr21.fa.bwt，chr21.fa.amb，chr21.fa.ann，chr21.fa.pac，chr21.fa.sa， 警惕：在后续分析中，参考序列必须与索引文件在同一path下 。

2. 将下机文件fq转变为sam格式（Sequence Alignment/Map），即将测序片段与参考序列mapping的文件：工具：bwa，语句：bwa mem -t N xxx.fa xxx.fq > xxx.sam

例：将下机文件75_S42_L001_R1_001.fastq转为sam格式，只看chr21序列：

语句： bwa mem -t 8 chr21.fa 75_S42_L001_R1_001.fastq > 75_chr21_R1.sam

警惕：参考序列为fa格式，其余索引文件不需要出现在语句中，只需在同一path下。

3. 简便方法：直接用IGV查看sam文件：

Step 1：打开Tools-Run igvtools，Command选Sort，input建好的sam文件，直接运行。

Step 2：Command选择Index，input文件为Step 1输出文件，

输出文件为：75_chr21_R1.sorted.sam.sai，可视为75_chr21_R1.sorted.sam的索引文件。

Step 3：将75_chr21_R1.sorted.sam拖入IGV工作页面，选择参考基因组与染色体，输入位置，大功告成。

4. 不简便方法：

工具：samtools

Step 1：sam文件转为bam文件：语句：samtools view -b xxx.sam xxx.bam

Step 2：bam文件转为sort文件：语句：samtools sort xxx.bam xxx.sort

Step 3：给sort文件建索引，使用fqidx语句，完成。

有关机房收费系统学生下机的思考

??

 

                               所谓的专家，就是在一个非常小的领域把全部的错误都犯过的人

                                                                                                                                                                          ---------题记

做机房收费系统也有一段时间了，眼下已经进行到学生下机操作了。

由于学生下机操作时。须要依据不同用户的类别。来进行对应的结账服务。于是乎就想到了曾经学习到的设计模式，那么针对这个问题。能够用到那些模式呢？小编在这里总结一下。（可能有些模式过于勉强，但这都无所谓，学习的真谛就在于此，不断的反复和实验）

 

-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

前言

 先分析下下机须要用到的数据

固定用户每小时费用：代表会员级别每小时花费金额

暂时用户每小时费用：代表暂时用户每小时花费金额

至少上机时间：学生假设上机时间小于此的话，就按此时间计算

准备时间：此时间不计算在学生上机时间里面

至少金额：上机时间小于至少上机时间的，就按此计算

 

策略模式

 策略模式曾经也写过类似的博客，连接例如以下

策略模式总结

类图

Strategy接口：封装了不同类别用户计算金额的算法

Context类：封装了不同的角色，当外部调用时。无须知道算法，直接实例化该类就可以

 

代码：

‘‘‘ <summary>
‘‘‘ 策略的接口
‘‘‘ </summary>
‘‘‘ <remarks></remarks>
Public Interface Strategy
    ‘‘‘ <summary>
    ‘‘‘ 
    ‘‘‘ </summary>
    ‘‘‘ <param name="consumeTime">花费的时间</param>
    ‘‘‘ <param name="bill">不同类型用户上机每小时花费金额</param>
    ‘‘‘ <returns>返回消费的金额</returns>
    ‘‘‘ <remarks></remarks>
    Function ConsumeMoney(ByVal consumeTime As Single, bill As Single) As Single


End Interface

‘‘‘ <summary>
‘‘‘ 固定用户实现接口
‘‘‘ </summary>
‘‘‘ <remarks></remarks>
Public Class regularUser
    Implements Strategy
    Public Function ConsumeMoney(consumeTime As Single, bill As Single) As Single Implements Strategy.ConsumeMoney
        ‘假设小于准备时间的话，不收费的
        If consumeTime < 5 Then
            Return 0
            ‘假设小于最少上机时间的话，就收费最少金额
        ElseIf consumeTime > 5 And consumeTime < 30 Then
            Return 2
        Else
            Return bill / 60 * consumeTime
        End If
    End Function
   
    
End Class

Public Class context
    ‘抽象策略
    Dim strategy As Strategy = Nothing
    ‘构造函数设置详细策略
    ‘注意在vb.net中使用sub new()keyword来使用构造函数
    Sub New(ByVal _strategy As Strategy)
        Me.strategy = _strategy
    End Sub
    ‘封装后的策略方法
    Public Sub count(ByVal consumeTime As Single, bill As Single)
        Me.strategy.ConsumeMoney(consumeTime, bill)
    End Sub
End Class

特别声明：这仅仅是一个学生下机结账的小Demo。

 未完待续……